Γεννήθηκε στο Μπλάτσι, σημερινή Βλάστη, της επαρχίας Εορδαίας της Δυτικής Μακεδονίας το 1772. Η οικογένειά του ήταν πλούσια κτηνοτροφική και διατηρούσε αρματολίκι στην περιοχή της Βλάστης. Ο Φαρμάκης ανέλαβε τα ηνία του αρματολικίου σε νεαρή ηλικία και έλαβε μέρος σε εξεγέρσεις εναντίον των Τούρκων μετακινούμενος σε πολλές περιοχές.
Το 1795 συνεργάστηκε με τον Θεσσαλό αρματολό και επαναστάτη Ευθύμιο Βλαχάβα, αργότερα βρέθηκε στα Επτάνησα και συνεργάσθηκε με τον Καποδίστρια και τους Ρώσους εναντίον του Αλή Πασά και των Γάλλων. Το 1807, συμμετείχε στη ΄σύσκεψη των οπλαρχηγών στη Λευκάδα που διοργάνωσε ο Καποδίστριας και το 1808 επέστρεψε στην Βλάστη από όπου έφυγε για να συμμετάσχει στην επανάσταση στον Όλυμπο (όπως μαρτυρά και το Δημοτικό Τραγούδι).
«Τρία πουλάκια
κάθουνταν,
Γιαννάκη Φαρμάκη μ΄,
στήν Κούλια ’π του
Δαμάσι…
Γιαννάκης δε μάς φάνηκε
κι ούδέ στού Μπλάτσι
άκούσκι.
Μάς είπαν κάτι ψέματα,
μάς εΐπαν κάτι άλήθεια
Γιαννάκης, μωρ’ άπέρασιν
πέραν άπ’ του Βαρδάρι…».
Το 1817 μυήθηκε στην Οδησσό από τον Εμμανουήλ Ξάνθο στη Φιλική Εταιρεία. Το 1818 μετέβη στην Κωνσταντινούπολη όπου εχρίσθη από τον Σκουφά «Αρχηγός των αφιερωμένων της Φιλικής Εταιρείας» προοριζόμενος για περιοδεία στην Μακεδονία προς μύησιν εις την Εταιρείαν. Από τότε διέθεσε όλες τις δυνάμεις του για την εκπλήρωση των σκοπών της περιοδεύοντας σε πολλές περιοχές της Ελλάδας και προπαγανδίζοντας τον εθνικό ξεσηκωμό.
Το Φεβρουάριο του 1821 συμμετείχε στην επανάσταση εναντίον των Τούρκων στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες μαζί με τον Γ. Ολύμπιο και τους άντρες τους. Μετά την ήττα των επαναστατών στη Μάχη του Δραγατσανίου από τους Τούρκους , κατέληξε μαζί με τον Γεωργάκη Ολύμπιο και 350 συντρόφους του στη Μονή Σέκκου της Μολδαβίας. Σε σκληρή μάχη που έγινε στην κοιλάδα έξω από το μοναστήρι οι οπλαρχηγοί με τους άντρες τους περικυκλώθηκαν από τους Τούρκους και μετά από γενναίο αγώνα κατόρθωσαν να σπάσουν τον κλοιό και να ταμπουρωθούν στο μοναστήρι.
Την πρώτη ημέρα της πολιορκίας ο Γ. Ολύμπιος και οι σύντροφοί του ανατινάχθηκαν στο κωδωνοστάσιο της μονής. Ο Φαρμάκης με τους άνδρες του κράτησε 14 ημέρες πολεμώντας ηρωϊκά και αποτρέποντας κάθε προσπάθεια των Τούρκων να καταλάβουν την μονή. Τέλος αναγκάσθηκε να παραδoθεί με όρους στον επικεφαλής των Τούρκων Σελίχ Πασά, έπειτα από διαμεσολάβηση του Αυστριακού διπλωμάτη Wolf. Η συμφωνία όμως δεν τηρήθηκε από τους Τούρκους που κατέσφαξαν του Έλληνες πολεμιστές ενώ συνέλαβαν τον Φαρμάκη που στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη όπου βασανίστηκε, και αποκεφαλίσθηκε τον Οκτώβριο του 1821.
Άρθρο της Μιχαλοπούλου Βέρας από το 2ο Γυμνάσιο Λαγκαδά Β3.
